هناك الكثير من العوامل التي يمكن أن تُسبب الآلام أو النزف الحاد في فترة الحيض، لذلك ولكي يتمكن الطبيب من تشخيص الانتباذ البطاني الرحمي فهو يقوم بما يأتي: الاستفسار من المريضة عن الأعراض، الحيض، وعن التاريخ الصحي الشخصي للمريضة وللعائلة، إذ أن الانتباذ البطاني الرحمي يمكن أن يكون أحيانًا مرضًا وراثيًا. إجراء فحص للحوض قد يشمل فحص المهبل والمستقيم.
إذا شك الطبيب بوجود انتباذ بطاني رحمي فعندئذ يوصي بتناول دواء لبضعة أشهر، إذا طرأ تحسن على وضع المريضة في أعقاب تناول الدواء فقد يشكل ذلك دليلًا على وجود مرض الانتباذ البطاني الرحمي.

ومن أجل الكشف عن تكيّس في المبيض قد تكون هنالك حاجة أحيانًا إلى إجراء فحص التصوير بالموجات فوق الصوتية، أو التصوير المقطعي المحوسب، أو التصوير بالرنين المغناطيسي، إذ تظهر هذه الفحوصات صورة لما يحدث في داخل جوف البطن. بالرغم من الفحوصات المذكورة فإن الطريقة الوحيدة التي يمكن من خلالها التوصل إلى تشخيص مؤكد بأن الحالة هي انتباذ بطاني رحمي فعلًا هي عملية تنظير البطن، في هذا الإجراء يقوم الطبيب بإجراء شق صغير في البطن يُدخل من خلاله أنبوبًا دقيقًا يضيء جوف البطن، وإذا ما شاهد الطبيب خلال هذه العملية أنسجة ندوب أو تكيّس فإنه يقوم بإزالتها على الفور